Tuy nhiên, với vai trò là Thái thượng hoàng, Hiến Văn Đế vẫn tiếp tục kiểm soát chính quyền của đế quốc, và tất cả các công việc quan trọng đều được trình lên cho ông. Ông đã dành nhiều thời gian cho các vấn đề luật pháp hình sự, và trong thời gian này, các vụ án hình sự nói chung đã được quan tâm nhiều hơn, và mặc dù việc thụ lý mất nhiều thời gian hơn, song kết quả được cho là chính xác hơn trước.

Năm 476, vẫn còn bực bội trước Hiến Văn Đế, Phùng thái hậu đã sát hại ông. (Hầu hết các sử gia, bao gồm cả Tư Mã Quang, cho rằng bà đã đầu độc Hiến Văn Đế, song một phiên bản khác lại chỉ ra rằng Phùng thái hậu là sát thủ, khi Hiến Văn Đế đến cung để thỉnh an bà, bà đã bắt và làm ông ngạt thở.) Phùng thái hậu trở thành người nhiếp chính cho Hiếu Văn Đế.